A pesar de los beneficios que pueden conseguirse con los transgénicos, existe una enorme controversia entre los que realizan ingeniería genética y los ambientalistas, preocupados por la biodiversidad.
Por ejemplo, en Inglaterra se sembró colza transgénica, bautizada como canola, de cuyas semillas se extrae el aceite comestible del mismo nombre.
El rendimiento de la colza disminuía mucho porque ciertas hierbas impedían su crecimiento y, si se aplicaba un herbicida, éste destruía no sólo las hierbas sino también la colza. La variedad transgénica es resistente al herbicida y su rendimiento, sin las hierbas, es mayor.
Sin embargo, los ambientalistas aseguran haber comprobado que la desaparición de las hierbas ha hecho que decrezca a la mitad el número de mariposas, al igual que dos tercios de las abejas. La desaparición de estos insectos, además de desequilibrar toda la cadena alimenticia, afectará la polinización de la región, que en buena medida realizan esos animales. El hambre del mundo se encuentra en un extremo de la balanza y en el otro la biodiversidad del planeta. Se requieren mayores estudios para solucionar ambos problemas con bases objetivas.