Entre esta diversidad de bacterias se libran batallas en las que cada especie trata de ganar espacio y recursos a costa de las otras.
Dos tipos de microbios comunes en las vías respiratorias, que siempre están en competencia, son el Streptococcus pneumoniae y el Haemophilus influenzae.
Un grupo de microbiólogos diseminó colonias de ambos gérmenes en un medio de cultivo; después de cierto tiempo, las bacterias de la neumonía ganaron terreno a las de la influenza, hasta eliminarlas. Sin embargo, cuando el experimento ocurrió in vivo, las cosas resultaron diferentes.
Al inocular a ratones con cepas de los dos microorganismos, los de la influenza eliminaron a las de la neumonía y los ratones sufrieron infecciones consecutivas a la primera.
Los microbiólogos encontraron que las bacterias de la influenza promueven la producción de una gran cantidad de glóbulos blancos, pero los patógenos no sufren el ataque de ellos. En cambio, las bacterias de la neumonía se destruyen por la acción de los leucocitos.
Esta interacción entre los diferentes tipos de microbios y el sistema inmunitario del huésped hace ver que el médico debe prescribir de modo más cuidadoso los antibióticos ante una infección, ya que puede suceder que el medicamento destruya a un tipo de patógenos, que combate con eficacia a los otros gérmenes, y se desate una infección provocada por los microorganismos vencedores.