Sin embargo, cuando los excedentes de fertilizantes ricos en sales de nitrógeno son arrastrados por el agua de riego hacia los lagos o el mar, se produce un desequilibrio en los ecosistemas acuáticos. Los productos arrastrados favorecen el crecimiento de algunas algas acuáticas, llamadas fitoplancton. Éstas se desarrollan en grado desmesurado, impiden el paso de la luz necesaria para que otras plantas lleven a cabo la fotosíntesis y consumen tanto oxígeno y nutrientes que privan de éstos a las demás especies acuáticas, lo cual lleva a su disminución o desaparición de su hábitat.
Algunas zonas que se han visto gravemente afectadas por el arrastre de esos químicos hacia el mar son el Golfo de México y el de California.
En imágenes captadas por satélites durante cinco años es posible identificar grandes «manchas» del fitoplancton muy cerca de la Bahía del Tóbari, en la costa de Sonora, que es donde desembocan las aguas que arrastran los excedentes de fertilizante del Valle del Yaqui, una de las zonas agrícolas más productivas de nuestro país.
Después de la amenaza a la biodiversidad y el cambio climático, el desequilibrio del nitrógeno ocupa el tercer lugar de daño ecológico en nuestro planeta.
El reto actual consiste en regular el uso de estos compuestos, sin que se vea afectada la productividad agrícola y el ecosistema.